Äksi koguduse õpetaja Emil Ewald Wegeneri (1841–1898) ja tema abikaasa Leontine Therese (snd. Jürgens) (1846–1928) vanim poeg. Isa, „raske kogu, tugeva ümmariku peaga“, kes Mait Metsanurga teateil „muulasmeelsena võitles rahvusliku liikumise vastu“, mõisteti venestusajal luterlase ja õigeuskliku laulatamise pärast 1890 süüdi, kuid algne õige karm karistus (2 kuud vangistust ning vaimulikuna töötamise keeld) asendati hiljem leebemaga, ning isa pidi Baltimailt 1892 lahkuma Sise-Venemaale (elas Arhangelskis ja Peterburis, kus ka suri).
Armin Wegener omandas hariduse Tartus Blumbergi koolis (s.o Tartu gümnaasiumi ettevalmistuskoolis, mida juhatas Gustav Blumberg) ja Tartu gümnaasiumis. Õppis seejärel Tartu ülikoolis teoloogiat 1891–1895 (kandidaadikraad 1896). 1897–1910 töötas Moskvas Mihkli koguduse (St. Michaelis-Kirche) teise pastorina, 1899 abiellus Talllinna arstitütre Alice (Lilly) Wilhelmine Sophie Bockiga (⚭ vkj. 12. IX 1899 Moskvas). 1910–1928 oli Soomes Viiburi saksa koguduse õpetaja, seejärel 1928–1936 pastor Saksamaal Tšehhi piiri lähedal Geisingis (2011. a-st Altenbergi linnajagu).
Oli Soomes elades ajakirja Monatsschrift der deutschsprachigen Gemeinden toimetajaid. Avaldanud mälestused enamluse ajast Viiburis („Von der roten zur weissen Fahne“, 1927). Luuletajana silmapaistvamgi oli Armin Wegeneri noorem õde, Äksis sündinud Martha Wegener (1881–?).
Vahur Aabrams