Der Sohn einer Magedeburger Arztfamilie studierte von 1788 an Philosophie und Altphilologie an der Universität Halle. Wurde 1794 er zum Doktor promoviert, etablierte sich daselbst als Privatdozent und wurde 1797 zum außerordentlichen Professor ernannt. 1798–1802 war er Professor an Danziger Athenaeum, 1802–36 Professor der Beredsamkeit, Altphilologie, Ästhetik sowie der Literatur- und Kunstgeschichte an der wiedereröffneten Universität Dorpat. Er war eine der führenden Personen bei der Entwicklung der Universität und arbeitete in mehreren Kommissionen mit, darunter in der für die Ausarbeitung der Verfassung. Er bekleidete bis 1839 den Posten des Leiters der Universitätsbibliothek, 1803 begründete er das Kunstmuseum der Universität, dem er bis 1837 vorstand. 1826 wurde er Ehrenmitglied der St. Petersburger Akademie der Wissenschaften.
Morgenstern hat Verdienste als Verbreiter von Kenntnissen in der Kunstgeschichte. Die Thematik seiner Abhandlungen, in denen sich klassische und romantische Einsichten verbanden, umfaßte die Kunst seit der Antike bis zu den westeuropäischen und deutschbaltischen Künstlern seiner Zeit. Besonders erwärmte er sich für das Schaffen Raffaels (Über Raffaels Sanzio's Verklärung (Dorpat, Leipzig, 1822)). Über einige Gemälde (Dorpat, 1805) ist hierzulande die früheste Abhandlung auf dem Gebiet der Kunstgeschichte. Er gab drei Sammelbände von den Dörptischen Beyträgen für Freunde der Philosophie, Litteratur und Kunst (Dorpat, 1814–21) und einige seine Festreden heraus, zudem veröffentlichte er Beiträge in mehreren deutschbaltischen Zeitschriften. Mit seinem Reisebericht Reise in Italien im J. 1809 I–III (Dorpat, Leipzig, 1811–13) wurde er in europäischen Kunst- und Literaturkreisen weit bekannt. Als Zeichner war er Dilettant; er skizzierte Landschaftsetüden sowie Porträts und kopierte Werke großer Meister des 16. Jahrhunderts.
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