Sedel- ja kaartkataloogid ning teemakartoteegid asuvad 2. korrusel kataloogide saalis. Alates 1999. aastast neid katalooge enam ei täiendata ega parandata.
Haruldaste raamatute, käsikirjade, foto- ja kunstikogu kataloogid, arhiivinimistud ning teemakartoteegid asuvad Rariora saalis. Nende kaartkataloogide täiendamine lõpetati 2008. aastal.
Sedelkataloog kajastab peamiselt võõrkeelseid raamatuid (ka kreeka ja idamaade keeltes), osaliselt ka perioodilisi väljaandeid, dissertatsioone ja separaate, mis on ilmunud enne 1945. aastat.
Kataloog on leitav ka digiteerituna.
Kaartkataloog kajastab ladina tähestikus võõrkeelseid raamatuid, dissertatsioone, kaarte, separaate, Eestis ilmunud preprinte, mikrofilme, mis on ilmunud aastatel 1945–1998.
Sedelkataloog kajastab aastatel 1909–1916 hangitud venekeelseid raamatuid. Kirjed kataloogis on järjestatud nn preisi reeglite järgi.
Kataloog on leitav ka digiteerituna. Vanema venekeelse kirjanduse leidmiseks vt ka 1910. aastal ilmunud raamatkataloogi „Каталог русских книг Библиотеки Императорского Юрьевского унивеситета“ (Юрьев, 1910).
Kaartkataloog kajastab aastatel 1917–1998 ilmunud venekeelseid ja muudes slaavi keeltes raamatuid, dissertatsioone, autoreferaate, separaate, diplomi- ja auhinnatöid, Tartu Ülikooli käsikirjalisi teadustöid.
Kaartkataloog kajastab kuni 1915. aastani ilmunud võõrkeelseid raamatuid ja osaliselt ka dissertatsioone. Kataloogi ülesehituse aluseks on spetsiaalselt loodud liigitussüsteem, milles on 15 pealiiki.
Kataloogi kasutamist hõlbustab selle juurde kuuluv saksa- ja venekeelne „võti“ – kataloogi juurde kuuluvad raamatutena ilmunud liigitussüsteemid „Schlüssel zum Systematischen Katalog der Dorpater Universitäts-Bibliothek“ (Dorpat, 1873) ja „Ключ к систематическому каталогу Библиотеки Имп. Юрьевского университета“ (Юрьев, 1900).
Kataloog võimaldab otsida vanemat eestikeelset kirjandust märksõnade järgi. Kataloog peegeldab aastatel 1632–1944 ilmunud eestikeelseid raamatuid, separaate, ajakirju ja jätkväljaandeid, ajalehti, dissertatsioone, diplomi- ja auhinnatöid. Ilukirjandus kajastub kataloogis osaliselt. Kataloogi kasutamise hõlbustamiseks on olemas märksõnaloend „Eestikeelse kirjanduse (ilm. 1632–1944) märksõnakataloogi süstemaatiline märksõnaloend“.
Kaartkataloog kajastab enne 1945. aastat ilmunud võõrkeelseid raamatuid ja perioodikaväljaandeid. Kataloogi kasutamise hõlbustamiseks on koostatud alfabeetiline ja süstemaatiline märksõnaloend: „Võõrkeelse kirjanduse (ilm. kuni 1944. a) märksõnakataloogi alfabeetiline märksõnaloend“ ja „Võõrkeelse kirjanduse (ilm. kuni 1944. a) märksõnakataloogi süstemaatiline märksõnaloend“.
Kataloogis on võimalik otsida märksõnade järgi kirjandust, mida hangiti Tartu Ülikooli Meteoroloogia Observatooriumi meteoroloogia kabineti raamatukogusse aastatel 1877–1948. Kataloogis kajastuvad selleaegsed erinevate maailma maade meteoroloogia aastaraamatud, tähtsamad geofüüsika-alased ajakirjad ja raamatud, ilmavaatluste kaardid jm.
Kaartkataloog kajastab Estica kogus olevaid Eestis ilmunud võõrkeelseid trükiseid (raamatuid, jätkväljaandeid, ajakirju, ajalehti, separaate). Samuti peegeldab kataloog väljaspool Eestit ilmunud võõrkeelset kirjandust, mis käsitleb Eestit ja endisi Balti kubermange, s.o. Eesti-, Liivi- ja Kuramaad. Kataloogis kajastub kuni 1944. aastani ilmunud kirjandus. Kasutamist hõlbustab raamatukogus välja töötatud Estica kogu märksõnaloend, mis on kohapeal olemas ka trükitud kujul.
Sedelkataloog kajastab kuni 1988. aastani ilmunud ladina tähestikus eesti- ja võõrkeelseid dissertatsioone, autoreferaate ja separaate. Kirjed on järjestatud nn preisi reeglite järgi.
Kataloog on leitav ka digiteerituna.
Sedelkataloog kajastab kuni 1988. aastani ilmunud venekeelseid dissertatsioone, autoreferaate ja separaate. Kirjed on järjestatud nn preisi reeglite järgi.
Kataloog on leitav ka digiteerituna.
UDK-põhine kaartkataloog kajastab NSV Liidus kaitstud dissertatsioonide (kandidaadi- ja doktoritööde) venekeelseid autoreferaate, mis on ilmunud aastatel 1946–1968.
Kataloog on leitav ka digiteerituna.
Temaatiline kaartkataloog kajastab NSV Liidus kaitstud dissertatsioonide (kandidaadi- ja doktoritööde) venekeelseid autoreferaate, mis on ilmunud aastatel 1969–1987. Kataloog on üles ehitatud teemade järgi.
Kataloog on leitav ka digiteerituna.
Sedelkataloog kajastab kõrgkoolide ja teadusasutuste enne 1945. aastat ilmunud ametkondlikke materjale (loengukavad, aruanded, eeskirjad, isikkoosseisud) ning professorite kõnede ja biograafiate kogumikke, mis on järjestatud linnade nimede (asutuste asukohtade) tähestikulises järjekorras.
Kataloog on leitav ka digiteerituna. Kohanimesid vt Eesti Keele Instituudi kohanimeandmebaasist KNAB.
Sedelkataloog kajastab õppeasutuste (koolide) enne 1945. aastat ilmunud ametkondlikke materjale, mis on järjestatud linnade nimede (asutuste asukohtade) tähestikulises järjekorras.
Kataloog on leitav ka digiteerituna. Kohanimesid vt Eesti Keele Instituudi kohanimeandmebaasist KNAB.
Kaartkataloog kajastab kuni 1998. aastani ilmunud eestikeelseid ajalehti, ajakirju ja jätkväljaandeid. Kataloog peegeldab ka Eesti kollektiivide võõrkeelseid väljaandeid.
Kaartkataloog kajastab kuni 1998. aastani ilmunud ladina tähestikus võõrkeelseid ajalehti, ajakirju ja jätkväljaandeid.
Kaartkataloog kajastab kuni 1998. aastani ilmunud slaavi tähestikus, peamiselt venekeelseid ajalehti, ajakirju ja jätkväljaandeid.
Kartoteek sisaldab andmeid raamatute, väitekirjade, üliõpilastööde, artiklite jm kohta.
Õppejõududel ja teenistujatel on esitatud nimi, võimaluse korral eludaatumid, töökoht, amet, teaduslik kraad, märge koosseisu kuulumise kohta.
Erinevates märksõnakartoteekides kajastub info Tartu Ülikooli ajaloo kohta aastatel 1632–2002.
Kartoteek sisaldab materjali Eesti ajalugu käsitlevate teaduslike uurimuste, kultuurilooliste ning memuaariliste artiklite ja raamatute kohta.
Kartoteek on sisuliseks jätkuks E. Winkelmanni bibliograafiale Bibliotheca Livoniae historica : systematisches Verzeichniss der Quellen und Hülfsmittel zur Geschichte Estlands, Livlands und Kurlands (Berlin, 1878) ja E. Blumfeldti ja N. Loone koostatud väljaandele Eesti ajaloo bibliograafia 1877–1917 = Bibliotheca Estoniae historica 1877–1917 (Tartu, 1933–1939).
Venemaa Riiklikus Raamatukogus koostatud kartoteek sisaldab infot ka Venemaal asunud eestlaste seltside kohta.
Kartoteegi koostas peamiselt venekeelsete perioodiliste väljaannete põhjal raamatukogu endine töötaja ja direktor Karl Weltmann. Kartoteek sisaldab väga eriilmelist materjali Baltimaade, aga ka teiste maade kohta, samuti soome-ugri rahvaste ja keelte kohta jms. Personalia osas leidub andmeid Baltimaadel sündinud ja tegutsenud isikute kohta (õpetlased, poliitikud, usutegelased jt).